Aspectos generales
Responsable
Métodos de evaluación
| Método |
Cantidad |
Porcentaje |
| Evaluaciones parciales |
3 |
60% |
| Tareas |
4 |
40% |
Integrantes
| Integrante |
Rol |
Horas |
Actividad complementaria |
| PIMENTEL CABRERA JAIME ARTURO |
Responsable |
15.00 |
|
| GUERRERO CÁRDENAS ADÁN OSWALDO |
Profesor invitado (MDCBQ) |
7.50 |
|
| WOOD CHRISTOPHER DAVID |
Profesor invitado (MDCBQ) |
2.50 |
|
| ROSAS SANTIAGO PAUL |
Profesor invitado (MDCBQ) |
10.00 |
|
| ANDRÉS SARALEGUI AMARO |
Profesor invitado (Externo) |
12.50 |
|
| GASTÓN CONTRERAS JÍMENEZ |
Profesor invitado (Externo) |
10.00 |
|
| IVÁN SÁNCHEZ DÍAZ |
Profesor invitado (Externo) |
10.00 |
|
Introducción
La revolución tecnológica que ocurre en décadas recientes han transformado la forma en que se plantean y desarrollan tanto las actividades de investigación, cómo la presentación y manejo de los resultados generados. Particularmente intenso, el desarrollo de nueva instrumentación y la implementación de técnicas modernas de adquisición y analisis está generando multiples avances en el área de imagenología aplicada en ciencias biológicas y de la salud.
En este contexto, este curso busca proporcionar al estudiante de posgrado las bases conceptuales para realizar un proceso integral de análisis que, en el contexto de microscopía aplicada a sistemas biológicos y de la salud, permita al estudiante discutir pros y contras de un diseño experimental así cómo estrategias para selección de equipo, adquisición, análisis y presentación de resultados.
Para conseguir estos objetivos hemos diseñado un curso que, a lo largo de tres etapas que incluyen experiencia práctica, expone al estudiante a procesos de análisis y discusión sobre algunos de los aspectos fundamentales a cuidar durante el proceso que inicia con el diseño experimental, continua con la adquisición y analisis de sus datos y termina con la presentación y discusión de resultados.
Objetivos
- Que el estudiante adquiera conocimiento teóricos y prácticos en el diseño de protocolos para adquisición de datos en microscopía óptica.
- Proporcionar al estudiante conocimientos teóricos y prácticos en el procesamiento de imágenes.
- Proporcionar al estudiante experiencia práctica en la adquisición y análisis de datos generados en proyectos de investigación activos.
Temario
AP Arturo Pimentel. CW Christopher Wood. AS Andrés Saralegui. AG Adán Guerrero.
GC Gastón Contreras. PR Paul Rosas. IS Iván Sánchez.
- Microscopía óptica. AS/ AP.
- Óptica básica; fuentes de iluminación, lentes y difracción.
- Objetivos; magnificación, resolución y apertura numérica.
- Métodos de generación de contraste en campo claro.
- Sistemas de adquisición de imágenes digitales.
- Representación discreta y optimización del muestreo.
- Formatos en imagenes digitales.
- Procesamiento de imágenes digitales. AP
- Operaciones en el histograma de la imagen (realce, ecualización, etc).
- Operaciones con matrices (transformaciones y filtros).
- Convolución y deconvolución.
- Filtrado espacial; suavizado, mejoramiento de nitidez, filtros de realce.
- Espacio de Fourier y filtros basados en frecuencia; paso-altas, paso -bajas.
- Primera evaluación. Evaluación de las secciones 1 y 2.
- Segmentación. AG.
- Detección de discontinuidades.
- Técnicas basadas en regiones.
- Operaciones morfológicas.
- Microscopía de fluorescencia y aplicaciones. AS.
- Principios de fluorescencia.
- Fluorescencia de campo amplio (wide field).
- Fluorescencia en microscopía confocal.
- Segunda evaluación. Evaluación de las secciones 3 y 4.
- Análisis temporal y espacial de datos en imágenes de microscopía de fluorescencia. GC/PR/IS
- Primer caso práctico: Deconvolución en tejidos vegetales y microdisección láser para el análisis molecular.
- Segundo caso práctico: Uso de Nicotiana benthamiana como sistema de expresión heterólogo para el estudio de tráfico vesicular.
- Tercer caso práctico: Adquisición y procesamiento de imágenes para la evaluación del sistema quimiosensorial en el modelo biológico de Drosophila melanogaster.
- Tercera evaluación. Evaluación de la sección 5 del curso.
- Buenas prácticas en adquisición y procesamiento de imágenes. CW.
- Metadata y principios FAIR en datos ( findable, accessible, interoperable, and reusable). AG.
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