Regulación y Topología del Genoma
Investigamos cómo se regula la expresión génica durante el desarrollo de organismos multicelulares, con un enfoque especial en la topología del genoma. Analizamos su influencia en la transcripción, su conservación a lo largo de la evolución y los efectos de sus alteraciones en el desarrollo de enfermedades. Para ello, empleamos técnicas innovadoras de genómica y epigenética, principalmente en la mosca de la fruta Drosophila.

Publicaciones

MAYEX is an old long noncoding RNA recruited for X chromosome dosage compensation in a reptile.
Tenorio M, Cruz-Ruiz S, Encarnación-Guevara S, Hernández M, Corona-Gomez JA, Sheccid-Santiago F, Serwatowska J, López-Perdomo S, Flores-Aguirre CD, Arenas-Moreno DM, Ossiboff RJ, Méndez-de-la-Cruz F, Fernandez-Valverde SL, Zurita M, Oktaba K, Cortez D. Science. 2024 Sep 20;385(6715):1347-1354. doi: 10.1126/science.adp1932. Epub 2024 Sep 19. PMID: 39298575 IF: 44.7

Genome-wide analysis of RNA-chromatin interactions in lizards as a mean for functional lncRNA identification.
Tenorio M, Serwatowska J, Fernandez-Valverde SL, Oktaba K, Cortez D. BMC Genomics. 2023 Aug 7;24(1):444. doi: 10.1186/s12864-023-09545-5. PMID: 37550606 Free PMC article. IF:3.5

Isolation of Boechera stricta Developing Embryos for Hi-C.
Tiscareño-Andrade M, Oktaba K, Vielle-Calzada JP. Methods Mol Biol. 2022;2512:249-257. doi: 10.1007/978-1-0716-2429-6_14. PMID: 35818009

Plant In Situ Hi-C Experimental Protocol and Bioinformatic Analysis.
Pérez-de Los Santos FJ, Sotelo-Fonseca JE, Ramírez-Colmenero A, Nützmann HW, Fernandez-Valverde SL, Oktaba K. Methods Mol Biol. 2022;2512:217-247. doi: 10.1007/978-1-0716-2429-6_13. PMID: 35818008

Editorial: Chromatin Spatial Configuration and Function in Metazoans.
Delgado-Olguín P, Oktaba K, Furlan-Magaril M. Front Genet. 2021 Aug 11;12:734981. doi: 10.3389/fgene.2021.734981. eCollection 2021. PMID: 34456981 Free PMC article. No abstract available. IF:3.8

Evolution of Genome-Organizing Long Non-coding RNAs in Metazoans.
Ramírez-Colmenero A, Oktaba K, Fernandez-Valverde SL. Front Genet. 2020 Nov 30;11:589697. doi: 10.3389/fgene.2020.589697. eCollection 2020. PMID: 33329735 Free PMC article. Review. IF:3.8

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