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Campos de conocimiento
Bioinformática
Ciencias Genómicas
Líneas de investigación
1. Extracción de conocimiento de literatura biomédica con métodos de Inteligencia artificial.
2. Métodos de Inteligencia artificial para el análisis de datos genómicos.
Publicaciones
ARTÍCULOS EN REVISTAS INDIZADAS (* indica autor de correspondencia)
1) Varela-Vega, A., Posada-Reyes, A. B., & Méndez-Cruz, C. F.* (2024). Automatic extraction of transcriptional regulatory interactions of bacteria from biomedical literature using a BERT-based approach. Database: the journal of biological databases and curation, 2024, baae094. Online ISSN 1758-0463. doi:10.1093/database/baae094.
2) Méndez-Cruz, Carlos-Francisco*, Rodríguez-Herrera, Joel, Varela-Vega, Alfredo, Mateo-Estrada, Valeria, Castillo-Ramírez, Santiago*. (2024). Unsupervised learning and natural language processing point out bias in research trends of a superbug. Frontiers in Artificial Intelligence, Sec. Medicine and Public Health, Vol. 7. Electronic ISSN 2624-8212. doi:10.3389/frai.2024.1336071. Factor de impacto: 4.0.
3) Tierrafría, V. H., Rioualen, C., Salgado, H., Lara P., Gama-Castro, S., Lally, P., Gómez-Romero, L., Peña-Loredo, P., López-Almazo, A. G., Alarcón-Carranza, G., Betancourt-Figueroa, F., Alquicira-Hernández, S., Polanco-Morelos, E., García-Sotelo, J., Gaytan-Nuñez, E., Méndez-Cruz, C-F., Muñiz, L. J., Bonavides-Martínez, C., Moreno-Hagelsieb, G., Galagan, J. E., Wade, J. T., Collado-Vides, J. (2022). RegulonDB 11.0: Comprehensive high-throughput datasets on transcriptional regulation in Escherichia coli K-12. Microbial Genomics, 8(5), 000833. Electronic ISSN: 2057-5858. doi:10.1099/mgen.0.000833. Factor de impacto: 3.9.
4) Díaz-Rodríguez, Martín, Lithgow-Serrano, Oscar, Guadarrama-García, Francisco, Tierrafría, Víctor H., Gama-Castro, Socorro, Solano-Lira, Hilda, Salgado, Heladia, Rinaldi, Fabio, Méndez-Cruz, Carlos-Francisco*, Collado-Vides, Julio. (2021). Lisen&Curate: A platform to facilitate gathering textual evidence for curation of regulation of transcription initiation in bacteria. Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Gene Regulatory Mechanisms. Volume 1864, Issues 11–12, 194753. Electronic ISSN 1874-9399. doi:10.1016/j.bbagrm.2021.194753. Factor de impacto: 4.7.
5) Lithgow-Serrano, O., Cornelius, J., Kanjirangat, V., Méndez-Cruz, C-F., & Rinaldi, F. (2021). Improving classification of low-resource COVID-19 literature by using Named Entity Recognition. Genomics & informatics, 19(3), e22. Electronic ISSN 2234-0742. doi:10.5808/gi.21018. SJR: 0.32.
CAPÍTULOS EN LIBROS
1) Méndez-Cruz, Carlos-Francisco, and Arroyo-Fernández, Ignacio. (2022). Análisis automático de unidades morfológicas: segmentación y agrupamiento en español, maya y náhuatl. En Ramón F. Zacarías Ponce de León y Anselmo Hernández Quiroz (eds.), Ámbitos Morfológicos. Descripciones y métodos, 65, 325-360, Publicaciones del Centro de Lingüística Hispánica "Juan M. Lope Blanch". México: Instituto de Investigaciones Filológicas, UNAM. ISBN 978-607-30-5946-6.
2) Arroyo-Fernández, Ignacio, Carrasco-Ruiz, Mauricio, and Méndez-Cruz, Carlos-Francisco. (2021). Procesamiento de lenguaje natural en la conservación de la herencia cultural: una red semántica del Popol Vuh. En Diego Jiménez-Badillo (ed.), Patrimonio digital. Métodos computacionales y medios interactivos para estudiar y divulgar el patrimonio cultural. México: INAH, pp. 25-34. ISBN PDF 978-607-539-597-5. ISBN (versión impresa): 978-607-539-602-6.
ARTÍCULOS EN MEMORIAS CON ARBITRAJE (REVISIÓN POR PARES) (* indica autor de correspondencia)
1) Sepúlveda, D., Rodríguez-Herrera, J., Varela-Vega, A., Zagal Norman, A., Méndez-Cruz, C-F.* (2022). Sentence Classification to Detect Tables for Helping Extraction of Regulatory Interactions in Bacteria. In: D. Chicco et al. (Eds.), Computational Intelligence Methods for Bioinformatics and Biostatistics, 17th International Meeting, CIBB 2021, Virtual Event, November 15–17, 2021, Revised Selected Papers. Lecture Notes in Computer Science, (LNCS), Lecture Notes in Bioinformatics (LNBI), vol 13483, pp. 143–157. Switzerland: Springer, Cham. ISSN 0302-9743, E-ISBN 1611-3349, ISBN 978-3-031-20836-2. doi:10.1007/978-3-031-20837-9_12.
